Das BMF zielt damit auf eine bundesweite umsatzsteuerliche Gleichbehandlung aller Forschungseinrichtungen ab. Tätig geworden ist das BMF auf Hinweis des Bundesrechnungshofs, wonach die Finanzämter den Umfang der unternehmerischen Betätigung und die damit zusammenhängenden umsatzsteuerlichen Folgen unterschiedlich beurteilen. Fünf Beispiele sollen dabei helfen, die bisherigen Abgrenzungsprobleme von unternehmerischen und nichtunternehmerischen Tätigkeiten zu beheben. In diesem Zusammenhang wird auch dargelegt, dass öffentliche Zuschüsse im Rahmen der Forschungstätigkeiten für Forschungseinrichtungen die Möglichkeit zum Vorsteuerabzug nicht beeinträchtigen.
Darüber hinaus ergänzt das BMF die grundsätzlichen Ausführungen um ein zweistufiges Berechnungsschema zur vereinfachten Ermittlung der abzugsfähigen Vorsteuerbeträge, um die bisherige Abgrenzungsproblematik weiter zu erleichtern. Dabei werden in Schritt eins die Kosten des nichtunternehmerischen Bereichs berechnet. In Schritt zwei wird anschließend der Prozentsatz der nicht für das Unternehmen bezogenen Vorsteuern ermittelt.
Das BMF definiert Forschungseinrichtungen als Einheiten, die Forschungsprojekte oder Forschungsprogramme durchführen. Zudem legt das BMF fest, dass zum unternehmerischen Bereich - neben der Eigen- und Auftragsforschung - auch der weitere Technologietransfer sowie die Grundlagenforschung zählt, wenn deren Zielsetzung darin besteht, die Forschungsergebnisse nachhaltig zur Erzielung von Einnahmen zu verwenden und somit die Marktposition des Unternehmens zu stärken. Wird die Grundlagenforschung hingegen in abgrenzbaren Teilbereichen ohne nachhaltige Einnahmeerzielungsabsicht ausgeübt, sind die betroffenen Teilbereiche dem nichtunternehmerischen Bereich des Unternehmers zuzuordnen. Als abgrenzbare Teilbereiche können nach Ansicht des BMF insbesondere organisatorische Einheiten wie z. B. Institute angesehen werden.
Durch die Klarstellungen sollen die bisherigen Unklarheiten in der Praxis beseitigt und eine einheitlichere und transparentere Umsatzsteuerbehandlung im Segment der Forschungseinrichtungen gewährleistet werden.